Sob a bandeira do PPS, aposta numa oposição menos radical
Pela capacidade de dialogar e refletir sobre temáticas novas, como as reformas de base, os paradigmas vinculados ao meio ambiente, os movimentos sociais emergentes e a nova ordem mundial depois da crise do socialismo, Sergio Arouca chegou a ser considerado um dos antigos militantes que melhor representava a passagem do PCB para o PPS em 1992. O ano era de turbulências políticas, provocadas tanto pelo impeachment de Collor em agosto quanto pelas eleições municipais marcadas para outubro. Arouca, deputado estadual do Rio de Janeiro eleito pelo PCB no ano anterior, era líder do PPS na Câmara dos Deputados, e teve um papel fundamental na votação que decidiu o destino político de Collor.
Já pela legenda do PPS, que viria a ser muito identificado a partir desse momento como um dos herdeiros do chamado partido sanitarista – corrente formada prioritariamente por profissionais de saúde que em diferentes partidos representou a causa da Reforma Sanitária –, o médico concorreu ao cargo de vice-prefeito do Rio de Janeiro na chapa de Benedita da Silva, do Partido dos Trabalhadores (PT), nas eleições de 3 de outubro. Com propostas baseadas na maior participação da sociedade na gestão da coisa pública e na orientação de grande parte do orçamento para área social, eles ficaram em vantagem no primeiro turno, recebendo 23,9% dos votos válidos. A disputa no segundo turno com o candidato do Partido do Movimento Democrático Brasileiro (PMDB), Cesar Maia, foi acirrada. Apesar de receberem uma votação expressiva (48,1% dos votos válidos), Benedita e Arouca foram derrotados.
Com o vice-presidente Itamar Franco definitivamente na presidência da República, o ano de 1993 foi marcado por uma nova convocação às urnas. Como já estava previsto na Constituição de 1988, foi realizado em abril daquele ano um plebiscito para que os brasileiros pudessem escolher a forma e o sistema de governo do país. As escolhas eram a favor da monarquia ou da república, do presidencialismo ou do parlamentarismo. Ao lado do Partido da Social Democracia Brasileira (PSDB) e do Partido Comunista do Brasil (PC do B), o PPS lutava pelo parlamentarismo. Sobre o tema, Arouca chegou a publicar o artigo Parlamentarismo e saúde na edição 38 da revista do Centro Brasileiro de Estudos de Saúde (Cebes). Nas urnas, a vitória foi para a república presidencialista, que recebeu 55% dos votos, contra 24% obtidos pelo parlamentarismo.
Em outubro de 1994, Arouca foi novamente eleito deputado federal pelo Rio de Janeiro, com um total de 31.531 votos válidos, dessa vez na legenda do PPS. Já em fevereiro de 1995, ele passou a integrar a Comissão de Trabalho, Administração e Serviço Público da Câmara dos Deputados e foi outra vez indicado como membro da Comissão de Seguridade Social e Família.
Sua volta à corrida eleitoral aconteceu em 1996, com a desistência do ex-deputado Marcelo Cerqueira de candidatar-se à Prefeitura do Rio de Janeiro. Arouca foi aclamado para ser o candidato do PPS nessa eleição. Na ocasião, ele afirmava ser uma alternativa da “esquerda democrática” contra o “populismo” do Partido Democrático Trabalhista (PDT) e do PT, e ao “autoritarismo” do Partido Socialista dos Trabalhadores Unificado (PSTU). Apesar do apoio recebido do Partido Verde (PV), Arouca recebeu uma votação pouco expressiva.
No segundo turno, o médico manifestou apoio à candidatura de Luiz Paulo Conde, do Partido da Frente Liberal (PFL), em oposição ao candidato do PSDB, Sérgio Cabral Filho. Ele estava na contramão dos partidos de esquerda, que se uniram para defender o voto nulo. Arouca era contrário a essa estratégia. Para ele, os eleitores não deveriam “se anular” para “anular a direita”, era preciso defender a escolha democrática. Já em 1994, ele havia manifestado essa atitude, quando se recusou a ridicularizar o Plano Real e seus alcances para a economia no apoio à candidatura de Lula à Presidência.
Em 1998, Arouca concorreu à reeleição como deputado federal pelo Rio de Janeiro. Na época, a legenda não tinha coligação no estado, o que rendeu um coeficiente eleitoral por votação reduzido. Dessa forma, apesar de obter cerca de 32 mil votos, o médico não conseguiu se eleger. Era o fim de sua trajetória em cargos eletivos; mas Arouca continuou atuando nos bastidores da política. Era a favor das reformas no país; condenava palavras de ordem tipo “fora FHC”, que acreditava não contribuírem para a democracia; e apoiou a primeira vitória de um partido de esquerda na Nova República em 2002.
O médico foi vice-presidente geral do PPS e presidente do partido no Rio de Janeiro. Ocupava o cargo de secretário de Gestão Participativa do Ministério da Saúde, quando faleceu em 2003. Considerava essa secretaria uma vitória de sua luta iniciada na adolescência: “é a primeira vez que o poder executivo abre espaço para a participação popular na gestão do país”.