Em janeiro de 2003, Sergio Arouca foi nomeado secretário de Gestão Participativa do Ministério da Saúde (MS). Seu objetivo era implantar no ministério uma estrutura que priorizasse a participação popular, um dos pilares do Sistema Único de Saúde (SUS). Arouca, um dos líderes mais importantes na luta pela gestão democrática, foi o primeiro nome a ser pensado para essa secretaria.Na época ele dizia que mesmo depois da criação do SUS o Ministério da Saúde ainda carregava uma estrutura arcaica, que não privilegiava a participação popular. Seu objetivo nessa nova secretaria era acabar “de novo” com a separação entre saúde pública e atenção médica. Segundo Arouca, esse trabalho era inédito porque fortalecia a gestão democrática dentro do ministério. Para ele, a participação social tinha sido a base da sobrevivência do SUS, mesmo quando houve a onda neoliberal que levou muitos países a adotarem um sistema de saúde voltado para atendimento da população mais carente, acabando com a universalização.Uma de suas propostas iniciais era avaliar o funcionamento dos Conselhos de Saúde. Ele queria discutir a melhora no treinamento dos conselheiros e identificar conselhos que funcionavam como conselhos, com representação popular e controle social, e aqueles que eram cartoriais, que só funcionavam para prefeitos.
Para Arouca, o momento era de fazer uma revisão geral dos 15 anos do SUS. Na época, ele apontava um núcleo do SUS que deveria ser modificado – o modelo assistencial, considerado velho – e sugeria a introdução da questão da intersetorialidade, uma das linhas fortes da Reforma Sanitária. Ele dizia que o SUS, para se fortalecer, tinha dado ênfase apenas para saúde, enquanto que na 8ª Conferência eram defendidas também questões de educação e de emprego, ou seja, passava por uma articulação intersetorial forte.
Com esse espírito, Arouca foi nomeado coordenador-geral da 12ª Conferência Nacional de Saúde. O momento era de grande esperança; o clima em torno dessa conferência se assemelhava ao vivido na tão marcante 8ª CNS. Depois de anos, o país passava a ter um governo popular que se comprometeria a colocar em prática todas as deliberações da conferência. Arouca convocou os cidadãos para participarem da 12ª em uma analogia ao que tinha feito 17 anos antes: o sonho de ver a Reforma Sanitária se acendia de novo. Nessa época, sua doença já estava em um estágio avançado. Ele passou a coordenação do evento para Eduardo Jorge e se afastou em seguida da Secretaria de Gastão Participativa. Morreu em 2 de agosto, antes de ver a conferência acontecer.